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在旅行的列车上，美雪（铃木杏 饰）再次邂逅了金田一（松本润 饰），并追随于他。同伴用手中的DV记录着发生的一切。某夜，一个木偶团长不幸被害。案发后，警探发现他原本在车厢里的尸体不翼而飞，于是引起了一阵骚乱。探长决定在一家酒店暂时住下，找寻犯罪嫌疑人，金田一等人也一同前往。后来，根据案情，嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中，探长想通过体重以缩小搜查范围。但是，一个女成员的意外死亡，却让金田一发现了隐藏的秘密，并由此揭开了一桩尘封多年的旧案真相……
本片根据天树征丸的漫画改编，除上述特别版魔术列车杀人事件外，还包括以下6个事件，分别为幽灵客船杀人事件、法兰西银币杀人事件、黑死蝶杀人事件、速水玲香诱拐杀人事件、魔术的森杀人事件和露西亚人形杀人事件。
Mtime网友：这个题材，做成这样，真的很不容易了。尤其是，影片在影像上非常有特点，大量的特写镜头、跟拍、手持，以及碎片式剪辑，营造出强烈的恐慌与不安感。这种情绪，其实就是角色在片中的情绪，它以影像的方式，最直接延伸给观众。
丢豆网网友：一个好的导演，是会调教演员的，知道演员的优势在哪里。《金田一少年事件簿3》像极了一道来自异域的夏日甜品，虽然不是主菜的配置，但却也有着勾人的独特风情。坦白说，最初的确是冲着下山天 佐藤东弥 长沼诚 导演的名号看的，毕竟人家讲故事的功力摆在那里，但一开始就入了坑也是我怎么都没料到的。
豆瓣网网友：放在豆瓣语境下，是部时至今日终于拍出来的日本 “高分日韩剧”。拿现实题材拍商业类型片，社会意义摆在那，群戏也处理得相当不错。对日本 而言，这样的电影多一部是一部，走一步是一步。
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